Το πρόγραμμα του "Ουράνιου Τόξου" βασίζεται στις σύγχρονες μεθόδους της παιδαγωγικής επιστήμης και για το λόγο αυτό είναι ευέλικτο και δίνει ιδιαίτερη σημασία στην ενεργή συμμετοχή των παιδιών σε αυτό, ανάλογα με τα ενδιαφέροντα, τις ανάγκες και τις επιθυμίες τους. Το πρόγραμμα διαμορφώνεται θέτοντας ρεαλιστικούς στόχους και λαμβάνοντας υπόψη τις ικανότητες ανάλογα με την ηλικία και αποσκοπεί στη συναισθηματική - κοινωνική ανάπτυξη, γλωσσική - νοητική ανάπτυξη, αισθητική αγωγή - δημιουργία, ψυχοκινητική ανάπτυξη και ανάπτυξη δεξιοτήτων - αισθήσεων. Το Νηπιαγωγείο «Ουράνιο Τόξο» ακολουθεί το Διαθεματικό Ενιαίο Πλαίσιο Προγραμμάτων Σπουδών (ΔΕΠΠΣ), με τις διαθεματικές προσεγγίσεις, τα σχέδια εργασίας και τα θεματικά αφιερώματα. Τα γνωστικά αντικείμενα που επιλέγονται για τα προγράμματα αυτά είναι Ελληνική Γλώσσα, Μαθηματικά, Φυσικές Επιστήμες & Περιβάλλον, Φυσική αγωγή, Θεατρική αγωγή, Εικαστικά, Κουκλοθεατρικά και Πληροφορική. Το ημερήσιο πρόγραμμα συμπληρώνουν εκδηλώσεις με αφορμή τις μεγάλες γιορτές και εθνικές επετείους, βιωματικές εκπαιδευτικές δραστηριότητες, εκπαιδευτικές εκδρομές και επισκέψεις σε μουσεία, εκθέσεις, παιδικά θέατρα καθώς και δύο μεγάλες θεατρικές παραστάσεις, ανοιχτές στο κοινό, για τα Χριστούγεννα και τη λήξη της σχολικής χρονιάς.
Στόχος του προγράμματος είναι η ομαλή προσαρμογή των παιδιών στην ομαδική ζωή, η ανάπτυξη δεξιοτήτων, η γνωριμία με το κοινωνικό και φυσικό περιβάλλον και με τον πολιτισμό, η ανάπτυξη αρχών, η ενίσχυση των φυσικών τους χαρισμάτων, η ελεύθερη έκφραση, η συνύπαρξη, η επικοινωνία, η συνεργασία και η ανάπτυξη της αυτονομίας.